Die Art ist als FFH-Art geschützt (Anhang II und IV). Der Erhaltungszustand gilt laut Art. 17 Bericht in der alpinen Region als ungünstig-schlecht und in der kontinentalen Region als ungünstig-unzureichend (U1). Innerhalb Mitteleuropas beherbergt Österreich neben Tschechien und der Slowakei die umfangreichsten Bestände des Scharlachkäfers. In Niederösterreich sind folgende Gebiete zum Schutz des Scharlachkäfers ausgewiesen: Wienerwald-Thermenregion, Tullnerfelder Donauauen, Bisamberg, March-Thaya-Auen, Donau-Auen östlich von Wien, Ötscher-Dürrenstein. Allerdings kommt er in weiteren Europaschutzgebieten vor, wie neue Daten zeigen.
Eine langsam steigende Verbesserung der Lebensbedingungen für den Scharlachkäfer ist die vermehrte Totholzduldung entlang von Fließgewässern wie auch in Schutzgebieten. Allerdings sind in vielen Wäldern noch immer sehr geringe Mengen Totholzmengen vorzufinden. Ein Grund dafür ist möglicherweise die vermehrte Biomassenutzung, bei der alle anfallenden Baumteile (auch vermorschte Teile mit an sich geringem Heizwert) aufgearbeitet werden. Diese Vollbaumnutzung ist aus forstökologischer Sicht bedenklich. Neben einer Strukturverarmung in solch bewirtschafteten Wäldern wird auch ein massiver Eingriff in die Nähstoffverträglichkeit der Böden befürchtet.
Bei einer naturnahen Bewirtschaftung mit ausreichendem Totholzangebot kann der Scharlachkäfer aber auch in Bergmischwäldern überleben.